2006/07赛季，穆里尼奥带领切尔西于足总杯决赛中以一比零击败曼联夺得冠军，夺得赴英执教以来首个足总杯冠军，欧冠赛场半决赛切尔西两回合一比一战平利物浦，点球大战惜败，穆里尼奥带领的蓝军再次无缘欧冠决赛。
2007年9月19日欧冠小组赛切尔西一比一战平罗森博格队，成为穆里尼奥下课的导火线，二十日切尔西官方正式宣布与穆里尼奥和平解约。穆里尼奥在2004年至2007年三年内为切尔西带来了两座英超冠军、一座足总杯冠军和一座联赛杯冠军以及一座社区盾杯冠军。
2008年6月2日穆里尼奥经过近一年的休整后，正式取代曼奇尼成为意甲豪门国际米兰新主帅，双方签约三年合同年薪九百万欧元，穆里尼奥成为意甲历史上最高薪及当时意甲唯一一位外籍教练。
2008/09赛季穆里尼奥很快带领国米在意大利超级杯决赛中点球战胜罗马夺得第一个冠军。并夺得俱乐部历史上第十七个意甲联赛冠军。2009/10赛季穆里尼奥带领国际米兰蝉联意甲联赛冠军，并夺得意大利杯冠军。欧冠赛场穆里尼奥带领的国米大放异彩，八分之一决赛以总比分三比一击败安切洛蒂的带领下前雇主英超冠军切尔西，四分之一决赛两回合总比分二比零击退俄超莫斯科中央陆军，半决赛面对卫冕冠军巴塞罗那，穆里尼奥首回合在主场三比一逆转取胜，第二回在诺坎普体育场于大部份时间只剩十人应战的情况下，成功以总比数三比二淘汰巴萨，带领国米时隔三十八年再次晋级欧洲冠军联赛决赛，在2010年5月22日的欧冠决赛中，国米以二比零击败拜仁慕尼黑夺得冠军，国米成为意大利有史以来的首支三冠王球队。穆里尼奥也当选意大利足协评选意甲赛季最佳教练。赛季结束后穆里尼奥功成身退，告别了了国际米兰。
2010年5月29日皇家马德里足球俱乐部官方宣布穆里尼奥成为球队新主帅，2010/11赛季穆里尼奥执教皇马的第一个赛季，球队在各条战线被巴塞罗那全面压制，联赛屈居亚军，欧洲冠军联赛半决赛同样负于巴萨被淘汰，但皇马在西班牙国王杯决赛中皇马一比零战胜巴萨了夺得了一个弥足珍贵冠军。
2011/12赛季皇马尽管在国王杯四分之一决赛被巴塞罗那淘汰，欧冠半决赛互射点惜败于于拜仁慕尼黑，但是球队在联赛中表现出色，迅速占据积分榜头名，并逐渐拉开与第二名巴塞罗那的积分差距，2012年5月2日穆里尼奥带领皇家马德里提前两轮夺得了2011/12赛季西甲联赛的冠军，同年夺得西班牙超级杯冠军后，穆里尼奥创纪录的完成了葡萄牙、英国、意大利、西班牙四国本土赛事的“大满贯”霸业即顶级联赛、本土杯赛及国内超级杯冠军。
2012/13赛季穆里尼奥因更衣室和竞技状态等原因与队长卡西利亚斯不和，把后者贬到替补席上，再加上队内的西班牙和葡萄牙球员分化，令球队出现内部分裂。皇马在联赛争夺和国王杯决赛中分别败给巴塞罗那和马德里竞技，夺得亚军，欧冠赛场则在半决赛败给多特蒙德，赛季四大皆空，2013年5月21日皇家马德里官方宣布结束与穆里尼奥的合约，赛季结束后离任。
2013年6月3日切尔西足球俱乐部官方宣布穆里尼奥重回切尔西担任球队的主教练，双方签约四年。2013/14赛季穆里尼奥带领切尔西最终获得英超联赛第三名，在足总杯赛场八分之一决赛切尔西零比二不敌曼城遭淘汰，欧冠赛场四分之一决赛首回合切尔西客场一比三负于巴黎圣日耳曼，第二回穆里尼奥带领切尔西二比零战胜对手，逆转晋级四强，可惜半决赛中切尔西两回合一比三不敌马竞，最终无缘决赛。
穆里尼奥开启了防守反击的新派流，其在参透防守反击的同时，为他的执教思想加入了太多科学化和社会化的内容，其中的精髓变得越发圣殿化，其在执教国米时对整个青训营系统的改造，让他的足球理论不再是一个体育竞技范畴，而是上升到了一个科学高度。
穆里尼奥是固执的反控球主义者，坚信控球是把双刃剑，从波尔图到切尔西，再到国米、皇马，再重返切尔西，穆里尼奥的执教生涯与高控球率、地面传递、技术足球沾不上边，穆里尼奥的球队都有鲜明的特点：强硬、快速、高效、朴实、反击、直接。穆里尼奥为追求胜利，极具冒险精神，落后时常采用赌博性质的四前锋甚至五前锋战术。
穆里尼奥信奉意志与精神足球，注重细节、执行力强、偏执张狂，善于激发球员最大潜能和即战力，所执教球队战术严谨，在处理球员关系方面，穆里尼奥几乎从不让媒体抓到把柄，保护着自己的球员，穆里尼奥善于心理战，经常挑衅激怒对手、裁判。
天赋才华、极度自信、坚定顽强、严谨细致、冷酷专制，穆里尼奥的成功，就在于他成功地演绎了一个葡萄牙航海时代的好船长，他感召球员们同舟共济，用战术素养、严明纪律、敬业精神、奖惩分明打造了自己的王者之师。
而穆里尼奥也极具个人魅力和感召力。斯内德多次表示：“为了他，我愿意去死“，马特拉齐在穆里尼奥离开国米时眼含热泪的表示：“我感觉，从今以后世界上再也不会有老师了“，2010年埃托奥谈到自己由中锋改踢边锋时说：“如果不是他，我不会踢边锋的位置，为他当门将我也愿意“，德罗巴也表示：“为了他，愿意在场上踢断腿”。生性高傲的伊布自传说道：“穆里尼奥是一位我愿意为之而死的人”。
穆里尼奥个性鲜明，有“狂人”之称，擅长防守反击战术，被认为是当今世界足坛最具争议和最成功的教练之一。